นิพนธ์เคยเป็นผู้ฝึกสอนผู้รักษาประตูให้แก่สโมสรฟุตบอลเอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด ก่อนที่จะออกจากสโมสรดังกล่าวเนื่องด้วยหมดสัญญาเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล โดยมีมิลาน เดวิช เข้ารับหน้าที่ฝึกสอนแทน[8] จากนั้น นิพนธ์ได้เป็นผู้ฝึกสอนผู้รักษาประตูให้แก่สโมสรฟุตบอลการท่าเรือแห่งประเทศไทย[9][10] และสโมสรฟุตบอลบุรีรัมย์ ยูไนเต็ด[11] ก่อนที่จะย้ายไปอยู่ร่วมกับสโมสรฟุตบอลแบงค็อก ยูไนเต็ด ในภายหลัง[12][13] โดยนิพนธ์เป็นหนึ่งในผู้มีส่วนช่วยให้ทีมดังกล่าวสามารถเข้าแข่งขันไทยพรีเมียร์ลีกได้สำเร็จ[14] จากนั้น เขาก็ย้ายไปทำหน้าที่ฝึกสอนให้แก่ทีมอาร์มี่ ยูไนเต็ด ฤดูกาล 2557, ทีมสุพรรณบุรี เอฟซี ฤดูกาล 2558–2559 และทีมราชบุรี มิตรผล เอฟซี ฤดูกาล 2560[ต้องการอ้างอิง]